Ren Amamiya, un nuevo estudiante transferido en la Academia Shujin, es enviado a Tokio para vivir con su amigo de la familia Sojiro Sakura después de ser puesto en libertad condicional por defender a una mujer de una agresión sexual. Mientras se dirige a su primer día en su nueva escuela, Ren nota que una extraña aplicación ha aparecido en su teléfono, transfiriéndolo a un mundo conocido como Metaverse, que contiene «sombras» de las personas: representaciones distorsionadas de su verdadero yo. En el Metaverso, él despierta su Persona, un poder desde lo profundo que le da la fuerza para luchar contra las sombras. Con la ayuda de estudiantes con problemas similares, forma Phantom Thieves of Hearts, intentando salvar a las personas de sus deseos pecaminosos «quitándoles el corazón», haciendo que los malhechores se arrepientan de sus acciones y den vuelta una nueva hoja. El grupo’

Sin embargo, durante el pico de su popularidad, Ren es capturado y puesto bajo custodia. Aquí, se despierta con un duro interrogatorio, pero esto se ve interrumpido por la llegada de Sae Niijima, un fiscal que busca respuestas. ¿Cómo reaccionará ella ante su historia y qué será de los ladrones fantasmas?